Andre Sanches Ribeiro

2019

Mean and variability in RNA polymerase numbers are correlated to the mean but not the variability in size and composition of Escherichia coli cells

Almeida, B., Chauhan, V., Kandavalli, V. & Ribeiro, A., 2019, BIOINFORMATICS 2019 - 10th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, Proceedings; Part of 12th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies, BIOSTEC 2019. De Maria, E., Gamboa, H. & Fred, A. (toim.). SCITEPRESS, s. 226-233 8 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

2018

A strategy for dissecting the kinetics of transcription repression mechanisms

Palma, C. S. D., Startceva, S., Neeli-Venkata, R., Zare, M., Goncalves, N. S. M., Fonseca, J. M., Oliveira, S. M. D. & Ribeiro, A. S., 2018, EMBEC and NBC 2017 - Joint Conference of the European Medical and Biological Engineering Conference EMBEC 2017 and the Nordic-Baltic Conference on Biomedical Engineering and Medical Physics, NBC 2017. Springer Verlag, s. 1097-1100 4 Sivumäärä (IFMBE Proceedings; Vuosikerta 65).

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

1 Sitaatiot (Scopus)

9 Lataukset (Pure)

Estimating effects of extrinsic noise on model genes and circuits with empirically validated kinetics

Oliveira, S. M. D., Bahrudeen, M. N. M., Startceva, S. & Ribeiro, A. S., 1 tammik. 2018, Artificial Life and Evolutionary Computation - 12th Italian Workshop, WIVACE 2017, Revised Selected Papers. Springer Verlag, s. 181-193 13 Sivumäärä (Communications in Computer and Information Science; Vuosikerta 830).

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

2 Sitaatiot (Scopus)

Generator Platform of Benchmark Time-Lapsed Images Development of Cell Tracking Algorithms: Implementation of New Features Towards a Realistic Simulation of the Cell Spatial and Temporal Organization

Martins, L., Canelas, P., Mora, A., Ribeiro, A. S. & Fonseca, J., 2018, Simulation and Modeling Methodologies, Technologies and Applications - International Conference, SIMULTECH 2016, Revised Selected Papers. Springer Verlag, s. 52-74 23 Sivumäärä (Advances in Intelligent Systems and Computing; Vuosikerta 676).

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

20 Lataukset (Pure)

Modeling and Engineering Promoters with Pre-defined RNA Production Dynamics in Escherichia Coli

Oliveira, S. M. D., Bahrudeen, M. N. M., Startceva, S., Kandavalli, V. & Ribeiro, A. S., 2018, Computational Methods in Systems Biology - 16th International Conference, CMSB 2018, Proceedings. Springer Verlag, s. 3-20 18 Sivumäärä (Lecture Notes in Bioinformatics; Vuosikerta 11095 LNBI).

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

23 Lataukset (Pure)

2017

Automatic Classification of Z-ring Formation Stages at the Single Cell Level in Escherichia Coli by Machine Learning

Zare, M., Neeli-Venkata, R., Martins, L., Peltonen, S., Ruotsalainen, U. & Ribeiro, A. S., 2017, Proceedings of the 10th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies, Vol 2: Bioimaging. Silveira, M., Fred, A., Gamboa, H. & Vaz, M. (toim.). SCITEPRESS, s. 72-76 5 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

Effects of extrinsic noise are promoter kinetics dependent

Bahrudeen, M. N. M., Startceva, S. & Ribeiro, A. S., 14 toukok. 2017, Proceedings of the 2017 9th International Conference on Bioinformatics and Biomedical Technology, ICBBT 2017. ACM, s. 44-47 4 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

3 Sitaatiot (Scopus)

21 Lataukset (Pure)

Effects of the Dynamics of the Steps in Transcription Initiation on the Asymmetry of the Distribution of Time Intervals between Consecutive RNA Productions

Startceva, S., Kandavalli, V., Visa, A. & Sanches Ribeiro, A., 27 syysk. 2017, Computational Methods in Systems Biology: 15th International Conference, CMSB 2017, Darmstadt, Germany, September 27–29, 2017, Proceedings. Springer, s. 327-329 3 Sivumäärä (Lecture Notes in Bioinformatics; Vuosikerta 10545).

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

13 Lataukset (Pure)

Estimating the multi-scale effects of extrinsic noise on genes and circuits activity from an empirically validated model of transcription kinetics

Oliveira, S. M. D., Bahrudeen, M. N. M., Startceva, S. & Ribeiro, A. S., 19 syysk. 2017, Workshop on Artificial Life and Evolutionary Computation (WIVACE2017). s. 118-131 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Transcription Initiation Controls Skewness of the Distribution of Intervals Between RNA Productions

Kandavalli, V., Startceva, S. & Sanches Ribeiro, A., 2017, 31st European Simulation and Modelling Conference: ESM'2017. Paulo J.S, G. (toim.). Portugal: EUROSIS, s. 397-403

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Tuning extrinsic noise effects on a small genetic circuit

Mohamed Bahrudeen, M. & S. Ribeiro, A., 4 syysk. 2017, Proceedings of ECAL 2017: 14th European Conference on Artificial Life. Massachusetts Institute of Technology

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

30 Lataukset (Pure)

2016

An image generator platform to improve cell tracking algorithms simulation of objects of various morphologies, kinetics and clustering

Canelas, P., Martins, L., Mora, A., S. Ribeiro, A. & Fonseca, J., 2016, SIMULTECH 2016 - Proceedings of the 6th International Conference on Simulation and Modeling Methodologies, Technologies and Applications. SCITEPRESS, s. 44-55 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

2 Sitaatiot (Scopus)

In vivo single-molecule dynamics of transcription of the viral T7 Phi 10 promoter in Escherichia coli

Goncalves, N. S. M., Martins, L., Tran, H., Oliveira, S. M. D., Neeli-Venkata, R., Fonseca, J. & Ribeiro, A. S., 26 kesäk. 2016, The 8th International Conference on Bioinformatics, Biocomputational Systems and Biotechnologies (BIOTECHNO2016). IARIA, s. 9-15

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Quantitative Estimation of Long-living Fluorescent Molecules from Temporal Fluorescence Intensity Data Corrupted by Nonzero-mean Noise

Startceva, S., Chandraseelan, J. G., Visa, A. & Ribeiro, A. S., 2016, BIOSIGNALS 2016 - 9th International Conference on Bio-Inspired Systems and Signal Processing, Proceedings; Part of 9th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies, BIOSTEC 2016. SCITEPRESS, s. 17-24

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Robustness to sub-optimal temperatures of the processes of Tsr Cluster formation and positioning in Escherichia coli

Annila, T., Neeli-Venkata, R. & Ribeiro, A. S., 2016, BIOINFORMATICS 2016 - 7th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, Proceedings; Part of 9th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies, BIOSTEC 2016. SCITEPRESS, s. 137-141 5 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

Temperature dependence of leakiness of transcription repression mechanisms of Escherichia coli

Goncalves, N., Oliveira, S. M. D., Kandavalli, V. K., Fonseca, J. M. & S. Ribeiro, A., 2016, Computational Methods in Systems Biology - 14th International Conference, CMSB 2016. Springer Verlag, s. 341-342 2 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 9859).

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

2 Sitaatiot (Scopus)

Using a synthetic probe to study the robustness of the segregation process of protein aggregates in Escherichia coli

Ribeiro, A. & Oliveira, S., 26 kesäk. 2016, The 8th International Conference on Bioinformatics, Biocomputational Systems and Biotechnologies (BIOTECHNO2016). IARIA, s. 21-22

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

2015

A nucleoid segmentation method robust to varying nucleoid number

Santinha, J., Goncalves, N., Mora, A., Sanches Ribeiro, A. & Fonseca, J., 2015, IEEE 4th Portuguese Meeting on Bioengineering (ENBENG).

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Detecting and tracking the tips of fluorescently labeled mitochondria in U2OS cells

Lihavainen, E., Mäkelä, J., Spelbrink, J. N. & Ribeiro, A. S., 2015, Image Analysis and Processing — ICIAP 2015: 18th International Conference, Genoa, Italy, September 7-11, 2015, Proceedings, Part II. Springer Verlag, Vuosikerta 9280. s. 363-372 10 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics); Vuosikerta 9280).

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

'miSimBa' - A simulator of synthetic time-lapsed microscopy images of bacterial cells

Martins, L., Fonseca, J. & Ribeiro, A., 17 huhtik. 2015, Proceedings - 2015 IEEE 4th Portuguese Meeting on Bioengineering, ENBENG 2015. IEEE, 7088854

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

6 Sitaatiot (Scopus)

Promoter initiation kinetics determines its sensitivity to changes in σ factor numbers in Escherichia coli

Kandavalli, V., Tran, H., Chandraseelan, J. & Ribeiro, A. S., 2015, MicroBiotech 15, Congress of Microbiology and Biotechnology. Portugal

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Synchrony between Genetic Repressilators in Sister Cells in Different Temperatures

Chandraseelan, J. G., Oliveira, S. M. D., Häkkinen, A., Startceva, S. & Ribeiro, A. S., 2015, ICCMSB 2015: International Conference on Computational and Molecular Systems Biology. World Academy of Science, Engineering and Technology, s. 725-728 4 Sivumäärä (Proceedings of the World Academy of Science, Engineering and Technology ).

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

2014

Modelling polar retention of complexes in Escherichia coli

Gupta, A., Lloyd-Price, J. & Ribeiro, A. S., 2014, Computational Methods in Systems Biology: 12th International Conference, CMSB 2014, Manchester, UK, November 17-19, 2014, Proceedings. s. 239-243 5 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; Vuosikerta 8859).

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

The role of different σ factors in the dynamics of transcription during the exponential growth phase

Kandavalli, V., Tran, H., Chandraseelan, J., Ferreria, C., Fonseca, J. & Ribeiro, A. S., 2014, Views into Nuclear Function. Patras, Greece

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

2013

Effects of inducer intake kinetics on the dynamics of gene expression

Julkaisun otsikon käännös: Effects of inducer intake kinetics on the dynamics of gene expressionTran, H. & Ribeiro, A. S., 2013, Advances in Artificial Life, ECAL 2013, Proceedings of the twelfth European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems, 2-6 September 2013, Taormina, Italy. s. 1174-1181 8 Sivumäärä (European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems).

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Study of the kinetics of transcription as a function of the cell growth phase

Sala, A., Sanches Ribeiro, A. & Kandhavelu, M., 1 heinäk. 2013, FEBS journal. s. 570-570

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

2012

Expressive Statistical Model Checking of Genetic Networks with Delayed Stochastic Dynamics

Julkaisun otsikon käännös: Expressive Statistical Model Checking of Genetic Networks with Delayed Stochastic DynamicsBallarini, P., Mäkelä, J. P. & Sanches Ribeiro, A., 2012, Computational Methods in Systems Biology. Proceedings of 10th International Conference, CMSB 2012, London, UK, October 3-5, 2012. Lecture Notes in Computer Science. Heidelberg: Springer, s. 29-48 (International Conference on Computational Methods in Systems Biology; Vuosikerta 7605).

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

5 Sitaatiot (Scopus)

In Vivo Kinetics of Asymmetric Disposal of Individual Protein Aggregates in E.Coli, One Aggregate at a Time

Julkaisun otsikon käännös: In Vivo Kinetics of Asymmetric Disposal of Individual Protein Aggregates in E.Coli, One Aggregate at a TimeRibeiro, A. S., Lloyd-Price, J., Häkkinen, A., Kandhavelu, M., Marques, I. J., Chowdhury, S., Lihavainen, E. & Yli-Harja, O., 2012, Proceedings of Ninth International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2012, 4-6 June, Ulm, Germany. TICSP Series. Larjo, A., Schober, S., Farhan, M., Bossert, M. & Yli-Harja, O. (toim.). Tampere: Tampere University of Technology, s. 1-4 4 Sivumäärä (International Workshop on Computational Systems Biology; Vuosikerta 61).

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Sequence Dependent Properties of the Expression Dynamics of Genes and Gene Networks

Julkaisun otsikon käännös: Sequence Dependent Properties of the Expression Dynamics of Genes and Gene NetworksPotapov, I., Mäkelä, J., Yli-Harja, O. & Ribeiro, A. S., 2012, Computational Methods in Systems Biology. Proceedings of 10th International Conference, CMSB 2012, London, UK, October 3-5, 2012. Lecture Notes in Computer Science. David, G. & Monika, H. (toim.). Heidelberg: Springer, s. 307-321 (International Conference on Computational Methods in Systems Biology; Vuosikerta 7605).

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Stochastic model of transcription initiation of closely spaced promoters in Escherichia coli

Julkaisun otsikon käännös: Stochastic model of transcription initiation of closely spaced promoters in Escherichia coliMartins, L., Mäkelä, J., Häkkinen, A., Ribeiro, A. S. & Fonseca, J. M., 2012, Proceedings of the Ninth International Meeting on Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics, CIBB- 2012, July 12 - 14, 2012, Houston Texas, US. s. 1-10 10 Sivumäärä (International Meeting on Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics).

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

2011

Dynamics of a Genetic Switch at the Nucleotide and Codon Levels

Julkaisun otsikon käännös: Dynamics of a Genetic Switch at the Nucleotide and Codon LevelsPotapov, I., Lloyd-Price, J., Yli-Harja, O. & Ribeiro, A. S., 2011, Eight International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2011, June 6-8, Zurich, Switzerland. TICSP series. Koeppl, H., Acimovic, J., Kesseli, J., Mäki-Marttunen, T., Larjo, A. & Yli-Harja, O. (toim.). Zurich: WCSB 2011, s. 153-156 (International Workshop on Computational Systems Biology WCSB; nro 57).

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Dynamics of Gene Expression under Tetracycline Inducible Promoters

Julkaisun otsikon käännös: Dynamics of Gene Expression under Tetracycline Inducible PromotersSmolander, O.-P., Kandhavelu, M., Mannerström, H., Lihavainen, E., Kalaichelvan, S., Healy, S., Yli-Harja, O., Karp, M. & Ribeiro, A. S., 2011, Eight International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2011, June 6-8, Zurich, Switzerland. TICSP series. Koeppl, H., Acimovic, J., Kesseli, J., Mäki-Marttunen, T., Larjo, A. & Yli-Harja, O. (toim.). Zurich: WCSB 2011, s. 227-227 (International Workshop on Computational Systems Biology WCSB; nro 57).

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

2010

Dynamical effect of transcriptional pause sites

Julkaisun otsikon käännös: Dynamical effect of transcriptional pause sitesRibeiro, A. S., Häkkinen, A., Healy, S., Rajala, T. & Yli-Harja, O., 2010, Proceedings of the Seventh International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2010, Luxembourg, June 16-18, 2010. TICSP Series. Nykter, M., Ruusuvuori, P., Carlberg, C. & Yli-Harja, O. (toim.). s. 3 p

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

2009

Effects of transcriptional time delays on gene expression dynamics

Julkaisun otsikon käännös: Effects of transcriptional time delays on gene expression dynamicsHäkkinen, A., Lloyd-Price, J., Yli-Harja, O. & S. Ribeiro, A., 2009, Proceedings of the Sixth International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2009, Aarhus, Denmark 10-12 June 2009. Manninen, T. (toim.). s. 71-74

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Stochastic model of bacterial bioluminescence at the single cell, single molecule level

Julkaisun otsikon käännös: Stochastic model of bacterial bioluminescence at the single cell, single molecule levelSmolander, O.-P., Karp, M., Yli-Harja, O. & S. Ribeiro, A., 2009, Proceedings of the Sixth International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2009, Aarhus, Denmark 10-12 June 2009. Manninen, T. (toim.). s. 151-154

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

2008

Optimize observational time points to maximize the inferability of gene networks

Julkaisun otsikon käännös: Optimize observational time points to maximize the inferability of gene networksEmmert-Streib, F. & Ribeiro, A., 2008, Proceedings of International Conference on Bioinformatics & Computational Biology, BIOCOMP 2008, Las Vegas, USA, 14-17 July 2008. Arabnia, H. R. (toim.). s. 55-60

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Selective advantages of stochastic phenotypic determination in unpredictable environments

Julkaisun otsikon käännös: Selective advantages of stochastic phenotypic determination in unpredictable environmentsS. Ribeiro, A., Grefenstette, J. J., Cloud, D., Häkkinen, A., Rajala, T. & Yli-Harja, O., 2008, Proceedings of the Fifth International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2008, Leipzig, Germany, 11-13 June 2008. Ahdesmäki, M. (toim.). s. 137-140

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

2007

Parameter estimation and tuning of firefly luciferase pathway model

Julkaisun otsikon käännös: Parameter estimation and tuning of firefly luciferase pathway modelManninen, T., Ribeiro, A., Lloyd-Price, J., Linne, M.-L., Ruohonen, K., Yli-Harja, O. & Kauffman, S. A., 2007, Proceedings of the Fifth IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics, GENSIPS'07, Tuusula, Finland, 10-12 June 2007. 4 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Andre Sanches Ribeiro

Tutkimustuotos

Hakutulokset