Laura Saarimäki

2025

CompSafeNano project: NanoInformatics approaches for safe-by-design nanomaterials

Zouraris, D., Mavrogiorgis, A., Tsoumanis, A., Saarimäki, L. A., del Giudice, G., Federico, A., Serra, A., Greco, D., Rouse, I., Subbotina, J., Lobaskin, V., Jagiello, K., Ciura, K., Judzinska, B., Mikolajczyk, A., Sosnowska, A., Puzyn, T., Gulumian, M., Wepener, V. & Martinez, D. S. T. & 29 muuta, Petry, R., El Yamani, N., Rundén-Pran, E., Murugadoss, S., Shaposhnikov, S., Minadakis, V., Tsiros, P., Sarimveis, H., Longhin, E. M., SenGupta, T., Olsen, A. K. H., Skakalova, V., Hutar, P., Dusinska, M., Papadiamantis, A. G., Gheorghe, L. C., Reilly, K., Brun, E., Ullah, S., Cambier, S., Serchi, T., Tämm, K., Lorusso, C., Dondero, F., Melagrakis, E., Fraz, M. M., Melagraki, G., Lynch, I. & Afantitis, A., tammik. 2025, julkaisussa: Computational and structural biotechnology journal. 29, s. 13-28 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

2 Sitaatiot (Scopus)

136 Lataukset (Pure)

INSIGHT: An integrated framework for safe and sustainable chemical and material assessment

Serra, A., Zouraris, D., Schaffert, A., Torres Maia, M., Tsiros, P., Virmani, I., Di Lieto, E., Saarimäki, L. A., Morikka, J., Riudavets-Puig, R., Varsou, D. D., Papavasileiou, K. D., Kolokathis, P. D., Mintis, D. G., Tzoupis, H., Tsoumanis, A., Melagraki, G., Arvanitidis, A., Doganis, P. & Minadakis, V. & 35 muuta, Savvas, G., Perello-y-bestard, A., Cucurachi, S., Buljan, M., Nikiforou, F., Karakoltzidis, A., Karakitsios, S., Sarigiannis, D. A., Friedrichs, S., Seitz, C., Gutierrez, T. N., Isigonis, P., Cambier, S., Marvuglia, A., Lindner, G. G., Sergent, J. A., Gheorghe, L. C., Bradford, L. J. A., Park, S. G., Ha, S. M., Gerelkhuu, Z., Yoon, T. H., Petry, R., Martinez, D. S. T., Winkler, D. A., Wick, P., Exner, T. E., Dondero, F., Serchi, T., Peijnenburg, W., Sarimveis, H., Paparella, M., Lynch, I., Afantitis, A. & Greco, D., 2025, julkaisussa: Computational and structural biotechnology journal. 29, s. 125-137 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

1 Sitaatiot (Scopus)

4 Lataukset (Pure)

Introduction to Multiscale Modeling for One Health Approaches

Saarimäki, L. A., del Giudice, G., Torres Maia, M., Morikka, J., Serra, A. & Greco, D., 2025, Materials Informatics II : Software Tools and Databases . Roy, K. & Banerjee, A. (toim.). Springer, s. 199-220 22 Sivumäärä (Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics; Vuosikerta 40).

Tutkimustuotos: Luku › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Nanomaterial grouping: Unraveling the relationship of induced mechanisms and potency at a temporal scale

Torres Maia, M., Fratello, M., del Giudice, G., Saarimäki, L. A., Möbus, L., Serra, A. & Greco, D., huhtik. 2025, julkaisussa: NANO TODAY. 61, 102639.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

1 Sitaatiot (Scopus)

8 Lataukset (Pure)

2024

A Network Toxicology Approach for Mechanistic Modelling of Nanomaterial Hazard and Adverse Outcomes

del Giudice, G., Serra, A., Pavel, A., Torres Maia, M., Saarimäki, L. A., Fratello, M., Federico, A., Alenius, H., Fadeel, B. & Greco, D., 27 elok. 2024, julkaisussa: Advanced science. 11, 32, 2400389.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

21 Sitaatiot (Scopus)

8 Lataukset (Pure)

Polyphenol- and Glucuronoxylan-Rich Fiber Extract from Birch (Betula sp.) Wood Regulates Colonic Barrier Function and Cell Proliferation in Healthy Rats

Kynkäänniemi, E., Lindén, J., Ngambundit, S., Saarimäki, L. A., Greco, D., Slaba, H., Lahtinen, M. H., Mikkonen, K. S. & Pajari, A. M., 21 helmik. 2024, julkaisussa: Journal of Agricultural and Food Chemistry. 72, 7, s. 3495-3505 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

2 Sitaatiot (Scopus)

1 Lataukset (Pure)

Toxicogenomics Data for Chemical Safety Assessment : From Intrinsic Characteristics to Functional Potential

Saarimäki, L., 2024, Tampere: Tampere University. (Tampere University Dissertations - Tampereen yliopiston väitöskirjat; Vuosikerta 999)

Tutkimustuotos: Väitöskirja › Collection of Articles

Open access

2023

A curated gene and biological system annotation of adverse outcome pathways related to human health

Saarimäki, L. A., Fratello, M., Pavel, A., Korpilähde, S., Leppänen, J., Serra, A. & Greco, D., kesäk. 2023, julkaisussa: Scientific Data. 10, 8 Sivumäärä, 409.

Tutkimustuotos: Data-artikkeli › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

12 Sitaatiot (Scopus)

15 Lataukset (Pure)

Advancing chemical safety assessment through an omics-based characterization of the test system-chemical interaction

del Giudice, G., Migliaccio, G., D’Alessandro, N., Saarimäki, L. A., Torres Maia, M., Annala, M. E., Leppänen, J., Möbus, L., Pavel, A., Vaani, M., Vallius, A., Ylä-Outinen, L., Greco, D. & Serra, A., 2023, julkaisussa: Frontiers in Toxicology. 5, 7 Sivumäärä, 1294780.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

8 Sitaatiot (Scopus)

15 Lataukset (Pure)

An ancestral molecular response to nanomaterial particulates

del Giudice, G., Serra, A., Saarimäki, L. A., Kotsis, K., Rouse, I., Colibaba, S. A., Jagiello, K., Mikolajczyk, A., Fratello, M., Papadiamantis, A. G., Sanabria, N., Annala, M. E., Morikka, J., Kinaret, P. A. S., Voyiatzis, E., Melagraki, G., Afantitis, A., Tämm, K., Puzyn, T. & Gulumian, M. & 4 muuta, Lobaskin, V., Lynch, I., Federico, A. & Greco, D., 2023, julkaisussa: Nature Nanotechnology. 18, 8, s. 957-966 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

24 Sitaatiot (Scopus)

18 Lataukset (Pure)

ESPERANTO: a GLP-field sEmi-SuPERvised toxicogenomics metadAta curatioN TOol

Di Lieto, E., Serra, A., Inkala, S. I., Saarimäki, L. A., Del Giudice, G., Fratello, M., Hautanen, V., Annala, M., Federico, A. & Greco, D., kesäk. 2023, julkaisussa: Bioinformatics (Oxford, England). 39, 6, 3 Sivumäärä, btad405.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

3 Sitaatiot (Scopus)

13 Lataukset (Pure)

Expanding adverse outcome pathways towards one health models for nanosafety

Saarimäki, L. A., del Giudice, G. & Greco, D., 2023, julkaisussa: Frontiers in Toxicology. 5, 6 Sivumäärä, 1176745.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

5 Sitaatiot (Scopus)

8 Lataukset (Pure)

Identification of a Gene Signature Predicting (Nano)Particle-Induced Adverse Lung Outcome in Rats

Valentino, S. A., Seidel, C., Lorcin, M., Sébillaud, S., Wolff, H., Grossmann, S., Viton, S., Nunge, H., Saarimäki, L. A., Greco, D., Cosnier, F. & Gaté, L., kesäk. 2023, julkaisussa: International Journal of Molecular Sciences. 24, 13, 23 Sivumäärä, 10890.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

3 Sitaatiot (Scopus)

14 Lataukset (Pure)

Integrated modeling for compound efficacy and safety assessment

Serra, A., Fratello, M., del Giudice, G., Saarimäki, L. A., Pavel, A., Federico, A. & Greco, D., 2023, QSAR in Safety Evaluation and Risk Assessment. Hong, H. (toim.). Academic Press, s. 49-64 16 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Luku › Tieteellinen › vertaisarvioitu

2 Sitaatiot (Scopus)

Systems toxicology to advance human and environmental hazard assessment: A roadmap for advanced materials

Amorim, M. J. B., Peijnenburg, W., Greco, D., Saarimäki, L. A., Dumit, V. I., Bahl, A., Haase, A., Tran, L., Hackermüller, J., Canzler, S. & Scott-Fordsmand, J. J., helmik. 2023, julkaisussa: NANO TODAY. 48, 101735.

Tutkimustuotos: Katsausartikkeli › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

18 Sitaatiot (Scopus)

18 Lataukset (Pure)

The in vitro immunomodulatory effect of multi-walled carbon nanotubes by multilayer analysis

Hautanen, V., Morikka, J., Saarimäki, L. A., Bisenberger, J., Toimela, T., Serra, A. & Greco, D., heinäk. 2023, julkaisussa: NanoImpact. 31, 100476.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

4 Sitaatiot (Scopus)

22 Lataukset (Pure)

Toxicogenomics Data for Chemical Safety Assessment and Development of New Approach Methodologies: An Adverse Outcome Pathway-Based Approach

Saarimäki, L. A., Morikka, J., Pavel, A., Korpilähde, S., del Giudice, G., Federico, A., Fratello, M., Serra, A. & Greco, D., 13 tammik. 2023, julkaisussa: Advanced science. 10, 2, 2203984.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

24 Sitaatiot (Scopus)

37 Lataukset (Pure)

Transcriptomic profiling reveals differential cellular response to copper oxide nanoparticles and polystyrene nanoplastics in perfused human placenta

Chortarea, S., Gupta, G., Saarimäki, L. A., Netkueakul, W., Manser, P., Aengenheister, L., Wichser, A., Fortino, V., Wick, P., Greco, D. & Buerki-Thurnherr, T., heinäk. 2023, julkaisussa: Environment International. 177, 108015.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

22 Sitaatiot (Scopus)

12 Lataukset (Pure)

2022

Biomarkers of nanomaterials hazard from multi-layer data

Fortino, V., Kinaret, P. A. S., Fratello, M., Serra, A., Saarimäki, L. A., Gallud, A., Gupta, G., Vales, G., Correia, M., Rasool, O., Ytterberg, J., Monopoli, M., Skoog, T., Ritchie, P., Moya, S., Vázquez-Campos, S., Handy, R., Grafström, R., Tran, L. & Zubarev, R. & 11 muuta, Lahesmaa, R., Dawson, K., Loeschner, K., Larsen, E. H., Krombach, F., Norppa, H., Kere, J., Savolainen, K., Alenius, H., Fadeel, B. & Greco, D., heinäk. 2022, julkaisussa: Nature Communications. 13, 10 Sivumäärä, 3798.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

27 Sitaatiot (Scopus)

12 Lataukset (Pure)

Characterization of ENM Dynamic Dose-Dependent MOA in Lung with Respect to Immune Cells Infiltration

Serra, A., Del Giudice, G., Kinaret, P. A. S., Saarimäki, L. A., Poulsen, S. S., Fortino, V., Halappanavar, S., Vogel, U. & Greco, D., kesäk. 2022, julkaisussa: Nanomaterials. 12, 12, 16 Sivumäärä, 2031.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

8 Sitaatiot (Scopus)

14 Lataukset (Pure)

Computationally prioritized drugs inhibit SARS-CoV-2 infection and syncytia formation

Serra, A., Fratello, M., Federico, A., Ojha, R., Provenzani, R., Tasnadi, E., Cattelani, L., Del Giudice, G., Kinaret, P. A. S., Saarimäki, L. A., Pavel, A., Kuivanen, S., Cerullo, V., Vapalahti, O., Horvath, P., Lieto, A. D., Yli-Kauhaluoma, J., Balistreri, G. & Greco, D., tammik. 2022, julkaisussa: Briefings in Bioinformatics. 23, 1, 20 Sivumäärä, bbab507.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

16 Sitaatiot (Scopus)

38 Lataukset (Pure)

Factors Modulating COVID-19: A Mechanistic Understanding Based on the Adverse Outcome Pathway Framework

Clerbaux, L. A., Albertini, M. C., Amigó, N., Beronius, A., Bezemer, G. F. G., Coecke, S., Daskalopoulos, E. P., del Giudice, G., Greco, D., Grenga, L., Mantovani, A., Muñoz, A., Omeragic, E., Parissis, N., Petrillo, M., Saarimäki, L. A., Soares, H., Sullivan, K. & Landesmann, B., elok. 2022, julkaisussa: Journal of Clinical Medicine. 11, 15, 55 Sivumäärä, 4464.

Tutkimustuotos: Katsausartikkeli › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

23 Sitaatiot (Scopus)

10 Lataukset (Pure)

Microarray Data Preprocessing: From Experimental Design to Differential Analysis

Federico, A., Saarimäki, L. A., Serra, A., del Giudice, G., Kinaret, P. A. S., Scala, G. & Greco, D., 2022, Microarray Data Analysis. Agapito, G. (toim.). Humana Press, s. 79-100 22 Sivumäärä (Methods in Molecular Biology; Vuosikerta 2401).

Tutkimustuotos: Luku › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

3 Sitaatiot (Scopus)

146 Lataukset (Pure)

Nextcast: A software suite to analyse and model toxicogenomics data

Serra, A., Saarimäki, L. A., Pavel, A., del Giudice, G., Fratello, M., Cattelani, L., Federico, A., Laurino, O., Marwah, V. S., Fortino, V., Scala, G., Kinaret, P. A. S. & Greco, D., tammik. 2022, julkaisussa: Computational and structural biotechnology journal. 20, s. 1413-1426

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

8 Sitaatiot (Scopus)

13 Lataukset (Pure)

Prospects and challenges for FAIR toxicogenomics data

Saarimäki, L. A., Melagraki, G., Afantitis, A., Lynch, I. & Greco, D., tammik. 2022, julkaisussa: Nature Nanotechnology. 17, s. 17-18

Tutkimustuotos: Keskustelupuheenvuoro › Tieteellinen

12 Sitaatiot (Scopus)

The potential of a data centred approach & knowledge graph data representation in chemical safety and drug design

Pavel, A., Saarimäki, L. A., Möbus, L., Federico, A., Serra, A. & Greco, D., 2022, julkaisussa: Computational and structural biotechnology journal. 20, s. 4837-4849 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

13 Sitaatiot (Scopus)

22 Lataukset (Pure)

2021

Manually curated transcriptomics data collection for toxicogenomic assessment of engineered nanomaterials

Saarimäki, L. A., Federico, A., Lynch, I., Papadiamantis, A. G., Tsoumanis, A., Melagraki, G., Afantitis, A., Serra, A. & Greco, D., 2021, julkaisussa: Scientific Data. 8, 49.

Tutkimustuotos: Data-artikkeli › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

24 Sitaatiot (Scopus)

34 Lataukset (Pure)

2020

BMDx : a graphical Shiny application to perform Benchmark Dose analysis for transcriptomics data

Serra, A., Saarimäki, L. A., Fratello, M., Marwah, V. S. & Greco, D., 2020, julkaisussa: Bioinformatics. 36, 9, s. 2932-2933

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

27 Sitaatiot (Scopus)

NanoSolveIT Project: Driving nanoinformatics research to develop innovative and integrated tools for in silico nanosafety assessment

Afantitis, A., Doganis, P., Karatzas, P., Tsiros, P., Liampa, I., Lobaskin, V., Greco, D., Serra, A., Kinaret, P. A. S., Saarimäki, L. A., Grafström, R., Melagraki, G., Kohonen, P., Nymark, P., Willighagen, E., Puzyn, T., Rybinska-Fryca, A., Lyubartsev, A., Alstrup Jensen, K. & Brandenburg, J. G. & 23 muuta, Lofts, S., Svendsen, C., Isigonis, P., Harrison, S., Maier, D., Tamm, K., Jänes, J., Sikk, L., Dusinska, M., Longhin, E., Rundén-Pran, E., Mariussen, E., El Yamani, N., Tsoumanis, A., Unger, W., Radnik, J., Tropsha, A., Cohen, Y., Varsou, D. D., Valsami-Jones, E., Papadiamantis, A., Ellis, L.-J. & Sarimveis, H., 2020, julkaisussa: Computational and structural biotechnology journal. 18, s. 583-602

Tutkimustuotos: Katsausartikkeli › vertaisarvioitu

92 Sitaatiot (Scopus)