Matti Annala

2025

Plasma cell-free DNA chromatin immunoprecipitation profiling depicts phenotypic and clinical heterogeneity in advanced prostate cancer

Sipola, J., Munzur, A. D., Kwan, E. M., Seo, C. C. Y., Hauk, B. J., Parekh, K., Liao, Y. J. R., Bernales, C. Q., Donnellan, G., Bloise, I., Fung, E., Ng, S. W. S., Wang, G., Vandekerkhove, G., Nykter, M., Annala, M., Maurice-Dror, C., Chi, K. N., Herberts, C. & Wyatt, A. W. & 1 muuta, Takeda, D. Y., 2025, julkaisussa: Cancer Research. 85, 4, s. 791-807 17 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

1 Sitaatiot (Scopus)

2024

Multiregion sampling of de novo metastatic prostate cancer reveals complex polyclonality and augments clinical genotyping

Warner, E. W., Van der Eecken, K., Murtha, A. J., Kwan, E. M., Herberts, C., Sipola, J., Ng, S. W. S., Chen, X. E., Fonseca, N. M., Ritch, E., Schönlau, E., Bernales, C. Q., Donnellan, G., Munzur, A. D., Parekh, K., Beja, K., Wong, A., Verbeke, S., Lumen, N. & Van Dorpe, J. & 5 muuta, De Laere, B., Annala, M., Vandekerkhove, G., Ost, P. & Wyatt, A. W., 2024, julkaisussa: Nature Cancer. 5, s. 114–130

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

17 Sitaatiot (Scopus)

Prediction of plasma ctDNA fraction and prognostic implications of liquid biopsy in advanced prostate cancer

Fonseca, N. M., Maurice-Dror, C., Herberts, C., Tu, W., Fan, W., Murtha, A. J., Kollmannsberger, C., Kwan, E. M., Parekh, K., Schönlau, E., Bernales, C. Q., Donnellan, G., Ng, S. W. S., Sumiyoshi, T., Vergidis, J., Noonan, K., Finch, D. L., Zulfiqar, M., Miller, S. & Parimi, S. & 19 muuta, Lavoie, J. M., Hardy, E., Soleimani, M., Nappi, L., Eigl, B. J., Kollmannsberger, C., Taavitsainen, S., Nykter, M., Tolmeijer, S. H., Boerrigter, E., Mehra, N., van Erp, N. P., De Laere, B., Lindberg, J., Grönberg, H., Khalaf, D. J., Annala, M., Chi, K. N. & Wyatt, A. W., 2024, julkaisussa: Nature Communications. 15, 1, 16 Sivumäärä, 1828.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

30 Sitaatiot (Scopus)

9 Lataukset (Pure)

Sensitive circulating tumor DNA-based residual disease detection in epithelial ovarian cancer

Kallio, H. M., Savolainen, K., Virtanen, T., Ryyppö, L., Selin, H., Martikainen, P., Staff, S., Kivinummi, K., Sipola, J., Vuorinen, J., Nikkola, J., Nykter, M., Auranen, A. & Annala, M., 1 kesäk. 2024, julkaisussa: Life science alliance. 7, 6

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

5 Sitaatiot (Scopus)

12 Lataukset (Pure)

Sensitive Detection of Urothelial Cancer via High-volume Urine DNA Analysis

Nikkola, J., Ryyppö, L., Vuorinen, J., Kallio, H., Selin, H., Jämsä, P., Åkerla, J., Virtanen, T., Pekkarinen, T., Kaipia, A., Pulkkinen, J., Vandekerkhove, G., Müller, D. C., Wyatt, A. W., Black, P. C., Nykter, M., Veitonmäki, T. & Annala, M., 2024, (E-pub ahead of print) julkaisussa: European Urology. 87, 1, s. 86-88

Tutkimustuotos: Kirje › Tieteellinen

1 Sitaatiot (Scopus)

2023

Early On-treatment Changes in Circulating Tumor DNA Fraction and Response to Enzalutamide or Abiraterone in Metastatic Castration-Resistant Prostate Cancer

Tolmeijer, S. H., Boerrigter, E., Sumiyoshi, T., Kwan, E. M., Ng, S. W. S., Annala, M., Donnellan, G., Herberts, C., Benoist, G. E., Hamberg, P., Somford, D. M., van Oort, I. M., Schalken, J. A., Mehra, N., van Erp, N. P. & Wyatt, A. W., 1 elok. 2023, julkaisussa: Clinical Cancer Research. 29, 15, s. 2835-2844 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

20 Sitaatiot (Scopus)

Fragmentomic analysis of circulating tumor DNA-targeted cancer panels

Helzer, K. T., Sharifi, M. N., Sperger, J. M., Shi, Y., Annala, M., Bootsma, M. L., Reese, S. R., Taylor, A., Kaufmann, K. R., Krause, H. K., Schehr, J. L., Sethakorn, N., Kosoff, D., Kyriakopoulos, C., Burkard, M. E., Rydzewski, N. R., Yu, M., Harari, P. M., Bassetti, M. & Blitzer, G. & 14 muuta, Floberg, J., Sjöström, M., Quigley, D. A., Dehm, S. M., Armstrong, A. J., Beltran, H., McKay, R. R., Feng, F. Y., O'Regan, R., Wisinski, K. B., Emamekhoo, H., Wyatt, A. W., Lang, J. M. & Zhao, S. G., 2023, julkaisussa: ANNALS OF ONCOLOGY. 34, 9, s. 813-825 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

20 Sitaatiot (Scopus)

Genomic characterization of IDH-mutant astrocytoma progression to grade 4 in the treatment setting

Rautajoki, K. J., Jaatinen, S., Hartewig, A., Tiihonen, A. M., Annala, M., Salonen, I., Valkonen, M., Simola, V., Vuorinen, E. M., Kivinen, A., Rauhala, M. J., Nurminen, R., Maass, K. K., Lahtela, S. L., Jukkola, A., Yli-Harja, O., Helén, P., Pajtler, K. W., Ruusuvuori, P. & Haapasalo, J. & 3 muuta, Zhang, W., Haapasalo, H. & Nykter, M., marrask. 2023, julkaisussa: Acta Neuropathologica Communications. 11, 1, 20 Sivumäärä, 176.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

6 Sitaatiot (Scopus)

19 Lataukset (Pure)

2022

Deep whole-genome ctDNA chronology of treatment-resistant prostate cancer

SU2C/PCF West Coast Prostate Cancer Dream Team, Herberts, C., Annala, M., Sipola, J., Ng, S. W. S., Chen, X. E., Nurminen, A., Korhonen, O. V., Munzur, A. D., Beja, K., Schönlau, E., Bernales, C. Q., Ritch, E., Bacon, J. V. W., Lack, N. A., Nykter, M., Aggarwal, R., Small, E. J., Gleave, M. E. & Quigley, D. A. & 3 muuta, Feng, F. Y., Chi, K. N. & Wyatt, A. W., 2022, julkaisussa: Nature. 608, s. 199–208 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

98 Sitaatiot (Scopus)

Genomic Features of Lung-Recurrent Hormone-Sensitive Prostate Cancer

Fonseca, N. M., Van Der Eecken, K., Herberts, C., Verbeke, S., Ng, S. W. S., Lumen, N., Ritch, E., Murtha, A. J., Bernales, C. Q., Schönlau, E., Moris, L., Van Dorpe, J., Annala, M., Wyatt, A. W. & Ost, P., 1 toukok. 2022, julkaisussa: JCO precision oncology. 6, 12 Sivumäärä, e2100543.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

6 Sitaatiot (Scopus)

PTPRD and CNTNAP2 as markers of tumor aggressiveness in oligodendrogliomas

Rautajoki, K. J., Jaatinen, S., Tiihonen, A. M., Annala, M., Vuorinen, E. M., Kivinen, A., Rauhala, M. J., Maass, K. K., Pajtler, K. W., Yli-Harja, O., Helén, P., Haapasalo, J., Haapasalo, H., Zhang, W. & Nykter, M., 18 elok. 2022, julkaisussa: Scientific Reports. 12, 14083.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

9 Sitaatiot (Scopus)

21 Lataukset (Pure)

Somatic Features of Response and Relapse in Non-muscle-invasive Bladder Cancer Treated with Bacillus Calmette-Guérin Immunotherapy

Bacon, J. V. W., Müller, D. C., Ritch, E., Annala, M., Dugas, S. G., Herberts, C., Vandekerkhove, G., Seifert, H., Zellweger, T., Black, P. C., Bubendorf, L., Wyatt, A. W. & Rentsch, C. A., 1 jouluk. 2022, julkaisussa: European Urology Oncology. 5, 6, s. 677-686 10 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

15 Sitaatiot (Scopus)

The 5-Hydroxymethylcytosine Landscape of Prostate Cancer

Sjöström, M., Zhao, S. G., Levy, S., Zhang, M., Ning, Y., Shrestha, R., Lundberg, A., Herberts, C., Foye, A., Aggarwal, R., Hua, J. T., Li, H., Bergamaschi, A., Maurice-Dror, C., Maheshwari, A., Chen, S., Ng, S. W. S., Ye, W., Petricca, J. & Fraser, M. & 44 muuta, Chesner, L., Perry, M. D., Moreno-Rodriguez, T., Chen, W. S., Alumkal, J. J., Chou, J., Morgans, A. K., Beer, T. M., Thomas, G. V., Gleave, M., Lloyd, P., Phillips, T., McCarthy, E., Haffner, M. C., Zoubeidi, A., Annala, M., Reiter, R. E., Rettig, M. B., Witte, O. N., Fong, L., Bose, R., Huang, F. W., Luo, J., Bjartell, A., Lang, J. M., Mahajan, N. P., Lara, P. N., Evans, C. P., Tran, P. T., Posadas, E. M., He, C., Cui, X. L., Huang, J., Zwart, W., Gilbert, L. A., Maher, C. A., Boutros, P. C., Chi, K. N., Ashworth, A., Small, E. J., He, H. H., Wyatt, A. W., Quigley, D. A. & Feng, F. Y., marrask. 2022, julkaisussa: Cancer Research. 82, 21, s. 3888-3902 15 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

34 Sitaatiot (Scopus)

6 Lataukset (Pure)

2021

BRCA2, ATM, and CDK12 defects differentially shape prostate tumor driver genomics and clinical aggression

Warner, E., Herberts, C., Fu, S., Yip, S., Wong, A., Wang, G., Ritch, E., Murtha, A. J., Vandekerkhove, G., Fonseca, N. M., Angeles, A., Beigi, A., Schonlau, E., Beja, K., Annala, M., Khalaf, D., Chi, K. N. & Wyatt, A. W., maalisk. 2021, julkaisussa: Clinical Cancer Research. 27, 6, s. 1650-1662 13 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

70 Sitaatiot (Scopus)

Cabazitaxel versus abiraterone or enzalutamide in poor prognosis metastatic castration-resistant prostate cancer: a multicentre, randomised, open-label, phase II trial

Annala, M., Fu, S., Bacon, J. V. W., Sipola, J., Iqbal, N., Ferrario, C., Ong, M., Wadhwa, D., Hotte, S. J., Lo, G., Tran, B., Wood, L. A., Gingerich, J. R., North, S. A., Pezaro, C. J., Ruether, J. D., Sridhar, S. S., Kallio, H. M. L., Khalaf, D. J. & Wong, A. & 8 muuta, Beja, K., Schönlau, E., Taavitsainen, S., Nykter, M., Vandekerkhove, G., Azad, A. A., Wyatt, A. W. & Chi, K. N., 2021, julkaisussa: Annals of Oncology. 32, 7

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

51 Sitaatiot (Scopus)

Evolution of castration-resistant prostate cancer in ctDNA during sequential androgen receptor pathway inhibition

Annala, M., Taavitsainen, S., Khalaf, D. J., Vandekerkhove, G., Beja, K., Sipola, J., Warner, E. W., Herberts, C., Wong, A., Fu, S., Finch, D. L., Oja, C. D., Vergidis, J., Zulfiqar, M., Eigl, B. J., Kollmansberger, C. K., Nykter, M., Gleave, M. E., Chi, K. N. & Wyatt, A. W., elok. 2021, julkaisussa: Clinical Cancer Research. 27, 16, s. 4610-4623 14 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

58 Sitaatiot (Scopus)

Plasma ctDNA is a tumor tissue surrogate and enables clinical-genomic stratification of metastatic bladder cancer

Vandekerkhove, G., Lavoie, J. M., Annala, M., Murtha, A. J., Sundahl, N., Walz, S., Sano, T., Taavitsainen, S., Ritch, E., Fazli, L., Hurtado-Coll, A., Wang, G., Nykter, M., Black, P. C., Todenhöfer, T., Ost, P., Gibb, E. A., Chi, K. N., Eigl, B. J. & Wyatt, A. W., 2021, julkaisussa: Nature Communications. 12, 1, 184.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

113 Sitaatiot (Scopus)

19 Lataukset (Pure)

2020

Activating AKT1 and PIK3CA Mutations in Metastatic Castration-Resistant Prostate Cancer

Herberts, C., Murtha, A. J., Fu, S., Wang, G., Schönlau, E., Xue, H., Lin, D., Gleave, A., Yip, S., Angeles, A., Hotte, S., Tran, B., North, S., Taavitsainen, S., Beja, K., Vandekerkhove, G., Ritch, E., Warner, E., Saad, F. & Iqbal, N. & 6 muuta, Nykter, M., Gleave, M. E., Wang, Y., Annala, M., Chi, K. N. & Wyatt, A. W., 2020, julkaisussa: European Urology. 78, 6, s. 834-844

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

64 Sitaatiot (Scopus)

AR and ERG drive the expression of prostate cancer specific long noncoding RNAs

Kohvakka, A., Sattari, M., Shcherban, A., Annala, M., Urbanucci, A., Kesseli, J., Tammela, T. L. J., Kivinummi, K., Latonen, L., Nykter, M. & Visakorpi, T., 2020, julkaisussa: Oncogene. 39, s. 5241–5251 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

10 Sitaatiot (Scopus)

Chromatin accessibility analysis uncovers regulatory element landscape in prostate cancer progression

Uusi-Mäkelä, J., Afyounian, E., Tabaro, F., Häkkinen, T., Lussana, A., Shcherban, A., Annala, M., Nurminen, R., Kivinummi, K., Tammela, T. L. J., Urbanucci, A., Latonen, L., Kesseli, J., Granberg, K. J., Visakorpi, T. & Nykter, M., 9 syysk. 2020.

Tutkimustuotos: Esipainos › Tieteellinen

HSD3B1 (1245A>C) germline variant and clinical outcomes in metastatic castration-resistant prostate cancer patients treated with abiraterone and enzalutamide: results from two prospective studies

Khalaf, D. J., Aragón, I. M., Annala, M., Lozano, R., Taavitsainen, S., Lorente, D., Finch, D. L., Romero-Laorden, N., Vergidis, J., Cendón, Y., Oja, C., Pacheco, M. I., Zulfiqar, M., Gleave, M. E., Almagro, E., Wyatt, A. W., Arranz, J., Olmos, D., Billalabeitia, E. G. & Chi, K. N. & 35 muuta, Borrega, P., Castro, E., Contreras, J. A., Domenech, M., Escribano, R., Fernández-Parra, E., Gallardo, E., García-Carbonero, I., García, R., Garde, J., González del Alba, A., González, B., Hernández, A., Hernando, S., Jiménez, P., Laínez, N., Luque, R., Martínez, E., Medina, A., Méndez-Vidal, M. J., Montesa, A., Morales, R., Pérez-Gracia, J. L., Pérez-Valderrama, B., Pinto, Á., Piulats, J., Puente, J., Querol, R., Rodríguez-Vida, A., Sáez, M. I., Vázquez, S., Vélez, E., Villa-Guzmán, J. C., Villatoro, R. & Zambrana, C., 2020, julkaisussa: ANNALS OF ONCOLOGY. 31, 9, s. 1186-1197 12 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

31 Sitaatiot (Scopus)

Moderate-to-strong expression of FGFR3 and TP53 alterations in a subpopulation of choroid plexus tumors

Granberg, K., Raita, A., Lehtinen, B., Tiihonen, A., Kesseli, J., Annala, M., Rodriguez Martinez, A., Nordfors, K., Zhang, W., Visakorpi, T., Nykter, M. & Haapasalo, H., 2020, julkaisussa: Histology and Histopathology. 35, 7, s. 673-680

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

2 Sitaatiot (Scopus)

Plasma Circulating Tumor DNA and Clonal Hematopoiesis in Metastatic Renal Cell Carcinoma

Bacon, J. V. W., Kollmannsberger, C. K., Wyatt, A. W., Nappi, L., Annala, M., Soleimani, M., Lavoie, J.-M., So, A., Gleave, M. E., Fazli, L., Wang, G. & Chi, K. N., 2020, julkaisussa: CLINICAL GENITOURINARY CANCER.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

33 Sitaatiot (Scopus)

2019

Circulating tumor DNA abundance and potential utility in de novo metastatic prostate cancer

Vandekerkhove, G., Struss, W., Annala, M., Kallio, H., Khalaf, D., Warner, E., Herberts, C., Ritch, E., Beja, K., Loktionova, Y., Hurtado-Coll, A., Fazli, L., So, A., Black, P., Nykter, M., Tammela, T., Chi, K., Gleave, M. & Wyatt, A., 2019, julkaisussa: European Urology. 75, 4, s. 667-675

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

148 Sitaatiot (Scopus)

Evaluation of Commercial Circulating Tumor DNA Test in Metastatic Prostate Cancer

Taavitsainen, S., Wyatt, A. W., Annala, M., Ledet, E., Beja, K., Miller, P. J., Moses, M., Nykter, M., Chi, K. N. & Sartor, O., 2019, julkaisussa: JCO precision oncology. 3

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

39 Sitaatiot (Scopus)

Identification of hypermutation and defective mismatch repair in ctDNA from metastatic prostate cancer

Ritch, E., Beja, K., Loktionova, Y., Khalaf, D., Fazli, L., Kushnir, I., Ferrario, C., Hotte, S., Annala, M., Chi, K., Wyatt, A., Fu, S., Herberts, C., Wang, G., Warner, E., Schönlau, E., Taavitsainen, S., Murtha, A. & Vandekerkhove, G., 2019, julkaisussa: Clinical Cancer Research.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

57 Sitaatiot (Scopus)

Morphologic and genomic characterization of urothelial to sarcomatoid transition in muscle-invasive bladder cancer

Genitsch, V., Liu, Y., Krentel, F., Davicioni, E., Gibb, E. A., Kruithof-de, J. M., Wyatt, A. W., Seiler, R., Kollár, A., Vandekerkhove, G., Blarer, J., Furrer, M., Annala, M., Herberts, C., Pycha, A. & de Jong, J. J., 2019, julkaisussa: UROLOGIC ONCOLOGY: SEMINARS AND ORIGINAL INVESTIGATIONS. 37, 9, s. 573.e19-573.e29

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

5 Sitaatiot (Scopus)

Optimal sequencing of enzalutamide and abiraterone acetate plus prednisone in metastatic castration-resistant prostate cancer : a multicentre, randomised, open-label, phase 2, crossover trial

Khalaf, D., Kollmannsberger, C., Eigl, B., Noonan, K., Wadhwa, D., Attwell, A., Keith, B., Ellard, S., Le, L., Gleave, M., Wyatt, A., Annala, M., Chi, K., Taavitsainen, S., Finch, D., Oja, C., Vergidis, J., Zulfiqar, M., Sunderland, K. & Azad, A., 2019, julkaisussa: The Lancet Oncology. 20, 12, s. p1730-1739

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

262 Sitaatiot (Scopus)

Plasma Androgen Receptor Copy Number Status at Emergence of Metastatic Castration-Resistant Prostate Cancer : A Pooled Multicohort Analysis

Jayaram, A., Grande, E., Martinez-Carrasco, A., Font, A., Berruti, A., Sternberg, C. N., Jones, R., Lefresne, F., Lahaye, M., Thomas, S., Joshi, S., Wingate, A., Shen, D., Ricci, D., Gormley, M., Merseburger, A. S., Tombal, B., Annala, M., Chi, K. N. & De Giorgi, U. & 10 muuta, Gonzalez-Billalabeitia, E., Wyatt, A. W., Wetterskog, D., Attard, G., Conteduca, V., Khalaf, D., Sharabiani, M. T. A., Calabro, F., Barwell, L. & Feyerabend, S., 2019, julkaisussa: JCO precision oncology. 3

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

30 Sitaatiot (Scopus)

2018

Biallelic tumour suppressor loss and DNA repair defects in de novo small-cell prostate carcinoma

Chedgy, E. C. P., Liew, J., Parimi, S., Vergidis, J., Hurtado-Coll, A., Sboner, A., Fazli, L., Beltran, H., Chi, K. N., Wyatt, A. W., Vandekerkhove, G., Herberts, C., Annala, M., Donoghue, A. J., Sigouros, M., Ritch, E., Struss, W. & Konomura, S., 2018, julkaisussa: Journal of Pathology. 246, 2, s. 244-253

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

39 Sitaatiot (Scopus)

Circulating Tumor DNA Genomics Correlate with Resistance to Abiraterone and Enzalutamide in Prostate Cancer

Annala, M., Finch, D., Oja, C. D., Vergidis, J., Zulfiqar, M., Azad, A. A., Nykter, M., Gleave, M. E., Wyatt, A. W., Chi, K. N., Vandekerkhove, G., Khalaf, D., Taavitsainen, S., Beja, K., Warner, E. W., Sunderland, K., Kollmannsberger, C. & Eigl, B. J., 2018, julkaisussa: CANCER DISCOVERY. 8, 4, s. 444-457

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

396 Sitaatiot (Scopus)

Concordance of Circulating Tumor DNA and Matched Metastatic Tissue Biopsy in Prostate Cancer

Wyatt, A. W., Beer Tomasz, M., Alumkal, J. J., Thomas, G. V., Reiter, R. E., Rettig, M. B., Evans, C. P., Gao, A. C., Kim, C. N., Small, E. J., Gleave, M. E., Annala, M., Aggarwal, R., Beja, K., Feng, F., Youngren, J., Foye, A., Paul, L. & Nykter, M., 2018, julkaisussa: JOURNAL OF THE NATIONAL CANCER INSTITUTE. 110, 1, s. 78-86

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

289 Sitaatiot (Scopus)

Constitutively active androgen receptor splice variants AR-V3, AR-V7 and AR-V9 are co-expressed in castration-resistant prostate cancer metastases

Kallio, H., Hieta, R., Latonen, L., Brofeldt, A., Annala, M., Kivinummi, K., Tammela, T., Nykter, M., Isaacs, W., Lilja, H., Bova, S. & Visakorpi, T., 2018, julkaisussa: British Journal of Cancer. 119, 3, s. 347-356

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

69 Sitaatiot (Scopus)

Frequent mutation of the FOXA1 untranslated region in prostate cancer

Annala, M., Taavitsainen, S., Vandekerkhove, G., Bacon, J., Beja, K., Chi, K., Nykter, M. & Wyatt, A., 2018, julkaisussa: Communications biology. 1, 122.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

22 Sitaatiot (Scopus)

Integrative proteomics in prostate cancer uncovers robustness against genomic and transcriptomic aberrations during disease progression

Latonen, L., Ebrahim, A., Afyounian, E., Jylhä, A., Nättinen, J., Aapola, U., Annala, M., Kivinummi, K., Tammela, T., Beuerman, R., Uusitalo, H., Nykter, M. & Visakorpi, T., 2018, julkaisussa: Nature Communications. 9, 9, s. 1176 1176.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

117 Sitaatiot (Scopus)

Isolation and genome sequencing of individual circulating tumor cells using hydrogel encapsulation and laser capture microdissection

Park, E. S., Wyatt, A. A., Hongshen, M., Ang, R. A., Jeong, H. L., Xiaoyan, D., Duffy, S. P., Beja, K., Annala, M., Black, P. C. & Kim, C. N., 2018, julkaisussa: Lab on a Chip. 18, 12, s. 1736-1749

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

24 Sitaatiot (Scopus)

Whole-exome sequencing identifies germline mutation in TP53 and ATRX in a child with genomically aberrant AT/RT and her mother with anaplastic astrocytoma

Nordfors, K., Haapasalo, J., Ebrahim, A., Afyounian, E., Tuominen, J., Annala, M., Häyrynen, S., Karhu, R., Helén, P., Lohi, O., Nykter, M., Haapasalo, H. & Granberg, K. J., maalisk. 2018, julkaisussa: Cold Spring Harbor Molecular Case Studies. 4, 2, 13 Sivumäärä, a002246.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

6 Sitaatiot (Scopus)

2017

Analysis of Circulating Cell-free DNA Identifies Multi-clonal Heterogeneity of BRCA2 Reversion Mutations Associated with Resistance to PARP Inhibitors.

Annala, M., 2017, julkaisussa: CANCER DISCOVERY. 7, 9, s. 999-1005

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

225 Sitaatiot (Scopus)

Circulating tumor DNA reveals clinically-actionable somatic genome of metastatic bladder cancer

Vandekerkhove, G., Hennenlotter, J., Nykter, M., Chi, K., North, S., Stenzl, A., Collins, C., Eigl, B., Black, P., Wyatt, A., Todenhöfer, T., Annala, M., Struss, W., Wong, A., Beja, K., Ritch, E., Brahmbhatt, S. & Volik, S., 2017, julkaisussa: Clinical Cancer Research. 23, 21, s. 6487-6497

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

124 Sitaatiot (Scopus)

Clinical association analysis of ependymomas and pilocytic astrocytomas reveals elevated FGFR3 and FGFR1 expression in aggressive ependymomas

Lehtinen, B., Raita, A., Kesseli, J., Annala, M., Nordfors, K., Yli-Harja, O., Zhang, W., Visakorpi, T., Nykter, M., Haapasalo, H. & Granberg, K. J., 2017, julkaisussa: BMC Cancer. 17, 1, s. 310 310.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Open access

Tiedosto

21 Sitaatiot (Scopus)

71 Lataukset (Pure)

Impact of therapy on genomics and transcriptomics in high-risk prostate cancer treated with neoadjuvant docetaxel and androgen deprivation therapy

Beltran, H., Fazli, L., Collins, C., Eastham, J., Morris, M., Taplin, M., Sboner, A., Halabi, S., Gleave, M., Wyatt, A., Chedgy, E., Donoghue, A., Annala, M., Warner, E., Beja, K., Sigouros, M. & Mo, F., 2017, julkaisussa: Clinical Cancer Research. 23, 22, s. 6802-6811

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

67 Sitaatiot (Scopus)

Molecular Dissection of Complete Response to Receptor Tyrosine Kinase Inhibition in Type II Papillary Renal Cell Carcinoma

Annala, M., Nappi, L., Azad, A. A., Landan, F., Kim, C. N. & Wyatt, A. W., 2017, julkaisussa: CLINICAL GENITOURINARY CANCER. 15, 1, s. e145-e150

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Segmentum : a tool for copy number analysis of cancer genomes

Ebrahim, A., Annala, M. & Nykter, M., 2017, julkaisussa: BMC Bioinformatics. 18, 215.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

4 Sitaatiot (Scopus)

Strong FGFR3 staining is a marker for FGFR3 fusions in diffuse gliomas

Granberg, K., Annala, M., Lehtinen, B., Kesseli, J., Haapasalo, J., Ruusuvuori, P., Yli-Harja, O., Visakorpi, T., Haapasalo, H., Nykter, M. & Zhang, W., 2017, julkaisussa: Neuro-Oncology. 19, 9, s. 1206-1216 11 Sivumäärä

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

31 Sitaatiot (Scopus)

The expression of AURKA is androgen regulated in castration-resistant prostate cancer

Kivinummi, K., Urbanucci, A., Leinonen, K., Tammela, T. L., Annala, M., Isaacs, W. B., Nykter, M., Visakorpi, T. & Bova, S., 2017, julkaisussa: Scientific Reports. 7, 1, s. 17978 17978.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

40 Sitaatiot (Scopus)

Treatment Outcomes and Tumor Loss of Heterozygosity in Germline DNA Repair-deficient Prostate Cancer

Annala, M., Lo, G., Aggarwal, R., Small, E., Nykter, M., Gleave, M., Chi, K., Wyatt, A., Struss, W., Warner, E., Beja, K., Vandekerkhove, G., Wong, A., Khalaf, D., Seppälä, I. & So, A., 2017, julkaisussa: European Urology. 72, 1, s. 34-42

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

188 Sitaatiot (Scopus)

2016

Genomic Alterations in Cell-Free DNA and Enzalutamide Resistance in Castration-Resistant Prostate Cancer

Wyatt, A. W., Brahmbhatt, S., Shukin, R., Le Bihan, S., Gleave, M. E., Nykter, M., Collins, C. C., Kim, C. N., Azad, A. A., Stanislav, V. V., Annala, M., Beja, K., McConeghy, B., Haegert, A., Warner, E. W. & Mo, F., 2016, julkaisussa: JAMA Oncology. 2, 12, s. 1598-1606

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

296 Sitaatiot (Scopus)

Integrated clinical, whole genome, and transcriptome analysis of multisampled lethal metastatic prostate cancer

Bova, G. S., Kallio, H., Annala, M., Kivinummi, K., Högnäs, G., Häyrynen, S., Rantapero, T., Kivinen, V., Isaacs, W., Tolonen, T., Nykter, M., Visakorpi, T. & Bova, S., 2016, julkaisussa: Cold Spring Harbor Molecular Case Studies. 2, 3, s. a000752

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

Microseminoprotein-beta expression in different stages of prostate cancer

Sjöblom, L., Saramäki, O., Annala, M., Leinonen, K., Nättinen, J., Tolonen, T., Wahlfors, T., Nykter, M., Schleutker, J., Tammela, T., Lilja, H., Visakorpi, T. & Bova, S., 2016, julkaisussa: PLoS ONE. 11, 3, s. e0150241 e0150241.

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

30 Sitaatiot (Scopus)

2015

Epigenetically altered miR-193b targets cyclin D1 in prostate cancer

Kaukoniemi, K. M., Rauhala, H. E., Scaravilli, M., Latonen, L., Annala, M., Vessella, R. L., Nykter, M., Tammela, T. L. & Visakorpi, T., 2015, julkaisussa: Cancer Medicine. 4, 9, s. 1417-1425

Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

37 Sitaatiot (Scopus)

Matti Annala

Tutkimustuotos

Hakutulokset