Olli Yli-Harja

Tutkimustuotos

Tutkimustuotoksia vuodessa 1986 1999 2003 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2025

• 183 Artikkeli
• 175 Konferenssiartikkeli
• 10 Kokoomateos
• 9 Abstrakti
• 17 Lisää
  • 6 Luku
  • 4 Tutkimusraportti
  • 4 Katsausartikkeli
  • 2 Keskustelupuheenvuoro
  • 1 Posteri

Tutkimustuotoksia vuodessa

Tutkimustuotoksia vuodessa

Hakutulokset

• 2013

  ESTOOLS Data@Hand: human stem cell gene expression resource

  Kong, L., Aho, K.-L., Granberg, K., Lund, R., Järvenpää, L., Seppälä, J., Gokhale, P., Leinonen, K., Hahne, L., Mäkelä, J., Laurila, K., Pukkila, H., Närvä, E., Yli-Harja, O., Andrews, P. W., Nykter, M., Lahesmaa, R., Roos, C. & Autio, R., 2013, julkaisussa: Nature Methods. 10, 9, s. 814-815 2 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen
  5 Sitaatiot (Scopus)

• Graph cut and image intensity-based splitting improves nuclei segmentation in high-content screening

  Julkaisun otsikon käännös: Graph cut and image intensity-based splitting improves nuclei segmentation in high-content screeningFarhana, M., Ruusuvuori, P., Emmenlauerb, M., Rämö, P., Yli-Harja, O. & Dehiob, C., 2013, Image Processing: Algorithms and Systems XI, Burlingame, CA, USA, 4.-6.2.2013. SPIE, 86550F. (SPIE Conference Proceedings; Vuosikerta 8655).

  Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• In vivo single-molecule kinetics of activation and subsequent activity of the arabinose promoter

  Julkaisun otsikon käännös: In vivo single-molecule kinetics of activation and subsequent activity of the arabinose promoterMäkelä, J., Kandhavelu, M., Oliveira, S. M. D., Chandraseelan, J. G., Lloyd-Price, J., Peltonen, J., Yli-Harja, O. & Ribeiro, A. S., 2013, julkaisussa: Nucleic Acids Research. 41, 13, s. 6544-6552 9 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  25 Sitaatiot (Scopus)

• Modeling bioprocess scale-up utilizing regularized linear and logistic regression

  Julkaisun otsikon käännös: Modeling bioprocess scale-up utilizing regularized linear and logistic regressionFarhan, M., Larjo, A., Yli-Harja, O. & Aho, T., 2013, IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing, MLSP 2013, 22-25 September, 2013, Southampton, UK. Piscataway, NJ: IEEE, s. 1-6 6 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  1 Sitaatiot (Scopus)

• Multi-scale Gaussian representation and outline-learning based cell image segmentation

  Julkaisun otsikon käännös: Multi-scale Gaussian representation and outline-learning based cell image segmentationFarhan, M., Ruusuvuori, P., Emmenlauer, M., Rämö, P., Dehio, C. & Yli-Harja, O., 2013, julkaisussa: BMC Bioinformatics. 14, SUPPL10, s. 1-14 14 Sivumäärä, S6.

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  7 Sitaatiot (Scopus)

• NanoMiner - Integrative Human Transcriptomics Data Resource for Nanoparticle Research

  Julkaisun otsikon käännös: NanoMiner - Integrative Human Transcriptomics Data Resource for Nanoparticle ResearchKong, L., Tuomela, S., Hahne, L., Ahlfors, H., Yli-Harja, O., Fadeel, B., Lahesmaa, R. & Autio, R., 2013, julkaisussa: PLoS ONE. 8, 7, s. 1-9 9 Sivumäärä, e68414.

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  20 Sitaatiot (Scopus)

• Prospecting hydrogen production of Escherichia coli by metabolic network modeling

  Julkaisun otsikon käännös: Prospecting hydrogen production of Escherichia coli by metabolic network modelingSeppälä, J. J., Larjo, A., Aho, T., Yli-Harja, O., Karp, M. T. & Santala, V., 10 syysk. 2013, julkaisussa: International Journal of Hydrogen Energy. 38, 27, s. 11780-11789 10 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  • Escherichia Coli 100%
  • H2 Production 100%
  • Hydrogen Production 100%
  • Metabolic Network Model 100%
  • Flux Balance Analysis 100%
  10 Sitaatiot (Scopus)

• The tumorigenic FGFR3-TACC3 gene fusion escapes miR-99a regulation in glioblastoma

  Parker, C., Annala, M., Cogdell, D., Granberg, K., Sun, Y., Ping, J., Li, X., Xia, L., Gumin, J., Zheng, H., Hu, L., Yli-Harja, O., Haapasalo, H., Visakorpi, T., Liu, X., Liu, C.-G., Sawaya, R., Fuller, G., Chen, K. & Lang, F. & 2 muuta, Nykter, M. & Zhang, W., 2013, julkaisussa: Journal of Clinical Investigation. 123, 2, s. 855-65 11 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  189 Sitaatiot (Scopus)

• Transcriptome and small RNA deep sequencing reveals deregulation of miRNA biogenesis in human glioma

  Moore, M. L., Kivinen, V., Liu, Y., Annala, M., Cogdell, D., Liu, X., Liu, C.-G., Sawaya, R., Yli-Harja, O., Shmulevich, I., Fuller, G. N., Zhang, W. & Nykter, M., 2013, julkaisussa: Journal of Pathology. 229, 3, s. 449-459 11 Sivumäärä, 4109.

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  24 Sitaatiot (Scopus)

• ZebIAT, an image analysis tool for registering zebrafish embryos and quantifying cancer metastasis

  Julkaisun otsikon käännös: ZebIAT, an image analysis tool for registering zebrafish embryos and quantifying cancer metastasisAnnila, T., Lihavainen, E., Marques, I. J., Williams, D. R., Yli-Harja, O. & Ribeiro, A. S., 2013, julkaisussa: BMC Bioinformatics. 14, Suppl 10, 9 Sivumäärä, S5.

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  12 Sitaatiot (Scopus)
• 2012

  Algorithm for In Silico Optimization of Production Strains

  Julkaisun otsikon käännös: Algorithm for In Silico Optimization of Production StrainsHeikkinen, E., Larjo, A., Santala, V., Yli-Harja, O. & Aho, T., 2012, Proceedings of Ninth International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2012, 4-6 June, Ulm, Germany. TICSP Series. Larjo, A., Schober, S., Farhan, M., Bossert, M. & Yli-Harja, O. (toim.). Tampere: Tampere University of Technology, s. 1-4 4 Sivumäärä (International Workshop on Computational Systems Biology; Vuosikerta 61).

  Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• An interacting multiple model filter-based autofocus strategy for confocal time-lapse microscopy

  Julkaisun otsikon käännös: An interacting multiple model filter-based autofocus strategy for confocal time-lapse microscopyChowdhury, S., Kandhavelu, M., Yli-Harja, O. & Ribeiro, A. S., 2012, julkaisussa: Journal of Microscopy: Oxford. 245, s. 265-275

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  18 Sitaatiot (Scopus)

• Asymmetric Disposal of Individual Protein Aggregates in Escherichia coli, One Aggregate at a Time

  Julkaisun otsikon käännös: Asymmetric Disposal of Individual Protein Aggregates in Escherichia coli, One Aggregate at a TimeLloyd-Price, J., Häkkinen, A., Kandhavelu, M., Marques, I. J., Chowdhury, S., Lihavainen, E., Yli-Harja, O. & Ribeiro, A. S., 2012, julkaisussa: Journal of Bacteriology. 197, 7, s. 1747-1752

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  24 Sitaatiot (Scopus)

• Dynamics of transcription driven by the tetA promoter, one event at a time, in live Escherichia coli cells

  Julkaisun otsikon käännös: Dynamics of transcription driven by the tetA promoter, one event at a time, in live Escherichia coli cellsMuthukrishnan, A., Kandhavelu, M., Lloyd-Price, J., Kudasov, F., Chowdhury, S., Yli-Harja, O. & Ribeiro, A. S., 2012, julkaisussa: Nucleic Acids Research. 40, 17, s. 8472-8483

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  48 Sitaatiot (Scopus)

• Dynamics of Transcription of Closely Spaced Promoters in Escherichia coli, One Event at a Time

  Julkaisun otsikon käännös: Dynamics of Transcription of Closely Spaced Promoters in Escherichia coli, One Event at a TimeMartins, L., Mäkelä, J., Häkkinen, A., Kandhavelu, M., Yli-Harja, O., Fonseca, J. & Ribeiro, A., 2012, julkaisussa: Journal of Theoretical Biology. 301, s. 83-94

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  4 Sitaatiot (Scopus)

• Effects of Codon Sequence on the Dynamics of Genetic Networks

  Julkaisun otsikon käännös: Effects of Codon Sequence on the Dynamics of Genetic NetworksPotapov, I., Mäkelä, J., Yli-Harja, O. & Ribeiro, A. S., 2012, julkaisussa: Journal of Theoretical Biology. 315, s. 17-25

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  9 Sitaatiot (Scopus)

• Effects of Mg2+ on in vivo transcriptional dynamics of the lar promoter

  Julkaisun otsikon käännös: Effects of Mg2+ on in vivo transcriptional dynamics of the lar promoterKandhavelu, M., Lihavainen, E., Muthukrishnan, A., Yli-Harja, O. & Ribeiro, A., 2012, julkaisussa: Biosystems. 107, 3, s. 129-134

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  9 Sitaatiot (Scopus)

• In Vivo Kinetics of Asymmetric Disposal of Individual Protein Aggregates in E.Coli, One Aggregate at a Time

  Julkaisun otsikon käännös: In Vivo Kinetics of Asymmetric Disposal of Individual Protein Aggregates in E.Coli, One Aggregate at a TimeRibeiro, A. S., Lloyd-Price, J., Häkkinen, A., Kandhavelu, M., Marques, I. J., Chowdhury, S., Lihavainen, E. & Yli-Harja, O., 2012, Proceedings of Ninth International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2012, 4-6 June, Ulm, Germany. TICSP Series. Larjo, A., Schober, S., Farhan, M., Bossert, M. & Yli-Harja, O. (toim.). Tampere: Tampere University of Technology, s. 1-4 4 Sivumäärä (International Workshop on Computational Systems Biology; Vuosikerta 61).

  Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Probabilistic RNA partitioning generates transient increases in the normalized variance of RNA numbers in synchronized populations of Escherichia coli

  Julkaisun otsikon käännös: Probabilistic RNA partitioning generates transient increases in the normalized variance of RNA numbers in synchronized populations of Escherichia coliLloyd-Price, J., Lehtivaara, M., Kandhavelu, M., Chowdhury, S., Muthukrishnan, A.-B., Yli-Harja, O. & Ribeiro, A. S., 2012, julkaisussa: Molecular Biosystems. 8, s. 565-571

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  16 Sitaatiot (Scopus)

• Proceedings of Ninth International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2012, 4-6 June, Ulm, Germany. TICSP Series

  Julkaisun otsikon käännös: Proceedings of Ninth International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2012, 4-6 June, Ulm, Germany. TICSP SeriesLarjo, A. (Toimittaja), Schober, S. (Toimittaja), Farhan, M. (Toimittaja), Bossert, M. (Toimittaja) & Yli-Harja, O. (Toimittaja), 2012, Tampere: Tampere International Center for Signal Processing.

  Tutkimustuotos: Kokoomateos › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Regulation of Mean and Noise of the in Vivo Kinetics of Transcription Under the Control of the lac/ara-1 Promoter

  Julkaisun otsikon käännös: Regulation of Mean and Noise of the in Vivo Kinetics of Transcription Under the Control of the lac/ara-1 PromoterKandhavelu, M., Lloyd-Price, J., Gupta, A., Muthukrishnan, A.-B., Yli-Harja, O. & Ribeiro, A. S., 2012, julkaisussa: FEBS Letters. 586, 21, s. 3870-3875

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  20 Sitaatiot (Scopus)

• Sequence Dependent Properties of the Expression Dynamics of Genes and Gene Networks

  Julkaisun otsikon käännös: Sequence Dependent Properties of the Expression Dynamics of Genes and Gene NetworksPotapov, I., Mäkelä, J., Yli-Harja, O. & Ribeiro, A. S., 2012, Computational Methods in Systems Biology. Proceedings of 10th International Conference, CMSB 2012, London, UK, October 3-5, 2012. Lecture Notes in Computer Science. David, G. & Monika, H. (toim.). Heidelberg: Springer, s. 307-321 (International Conference on Computational Methods in Systems Biology; Vuosikerta 7605).

  Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Single-molecule dynamics of transcription of the lar promoter

  Julkaisun otsikon käännös: Single-molecule dynamics of transcription of the lar promoterKandhavelu, M., Häkkinen, A., Yli-Harja, O. & Ribeiro, A., 2012, julkaisussa: Physical Biology. 9, 2, s. 1-7 7 Sivumäärä, 026004.

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  36 Sitaatiot (Scopus)

• Synthesis, characterization and antimicrobial activity of arylhydrazones of methylene active compounds

  Julkaisun otsikon käännös: Synthesis, characterization and antimicrobial activity of arylhydrazones of methylene active compoundsKandhavelu, M., Paturu, L., Mizar, A., Mahmudov, K. T., Kopylovich, M. N., Karp, M., Yli-Harja, O., Pombeiro, A. J. L. & Ribeiro, A. S., 2012, julkaisussa: Pharmaceutical Chemistry Journal. 46, 3, s. 157-164

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  15 Sitaatiot (Scopus)
• 2011

  A Beta-mixture model for dimensionality reduction, sample classification and analysis

  Julkaisun otsikon käännös: A Beta-mixture model for dimensionality reduction, sample classification and analysisLaurila, K., Osre, B., Andersen, C. L., Lamy, P., Orntoft, T., Yli-Harja, O. & Wiuf, C., 2011, julkaisussa: BMC Bioinformatics. 12, s. 1-6 6 Sivumäärä, 215.

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  11 Sitaatiot (Scopus)

• A systems biological approach to identify key transcription factors and their genomic neighborhoods in human sarcomas

  Julkaisun otsikon käännös: A systems biological approach to identify key transcription factors and their genomic neighborhoods in human sarcomasYlipää, A., Yli-Harja, O., Zhang, W. & Nykter, M., 2011, julkaisussa: Chinese Journal of Cancer. 30, 1, s. 27-40

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  5 Sitaatiot (Scopus)

• Automatic detection of changes in the dynamics of delayed stochastic gene networks and in vivo production of RNA molecules in Escherichia coli

  Julkaisun otsikon käännös: Automatic detection of changes in the dynamics of delayed stochastic gene networks and in vivo production of RNA molecules in Escherichia coliMäkelä, J., Huttunen, H., Kandhavelu, M., Yli-Harja, O. & Ribeiro, A. S., 2011, julkaisussa: Bioinformatics. 27, 19, s. 2714-2720

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  4 Sitaatiot (Scopus)

• Cancer Systems Biology: Signal Processing for Cancer Research

  Yli-Harja, O., Ylipää, A., Nykter, M. & Zhang, W., 2011, julkaisussa: Chinese Journal of Cancer. 30, 4, s. 221-225

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  4 Sitaatiot (Scopus)

• Cell-to-cell diversity in protein levels of a gene driven by a tetracycline inducible promoter

  Julkaisun otsikon käännös: Cell-to-cell diversity in protein levels of a gene driven by a tetracycline inducible promoterSmolander, O.-P., Kandhavelu, M., Mannerström, H., Lihavainen, E., Kalaichelvan, S., Healy, S., Yli-Harja, O., Karp, M. & Ribeiro, A. S., 2011, julkaisussa: BMC Molecular Biology. 12, s. 1-27 27 Sivumäärä, 21.

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  3 Sitaatiot (Scopus)

• Diversity of temporal correlations between genes in models of noisy and noiseless gene networks

  Julkaisun otsikon käännös: Diversity of temporal correlations between genes in models of noisy and noiseless gene networksRibeiro, A. S., Lloyd-Price, J., Chowdhury, S. & Yli-Harja, O., 2011, julkaisussa: Biosystems. 104, 2-3, s. 136-144

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  3 Sitaatiot (Scopus)

• Dynamics of a Genetic Switch at the Nucleotide and Codon Levels

  Julkaisun otsikon käännös: Dynamics of a Genetic Switch at the Nucleotide and Codon LevelsPotapov, I., Lloyd-Price, J., Yli-Harja, O. & Ribeiro, A. S., 2011, Eight International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2011, June 6-8, Zurich, Switzerland. TICSP series. Koeppl, H., Acimovic, J., Kesseli, J., Mäki-Marttunen, T., Larjo, A. & Yli-Harja, O. (toim.). Zurich: WCSB 2011, s. 153-156 (International Workshop on Computational Systems Biology WCSB; nro 57).

  Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Dynamics of Gene Expression under Tetracycline Inducible Promoters

  Julkaisun otsikon käännös: Dynamics of Gene Expression under Tetracycline Inducible PromotersSmolander, O.-P., Kandhavelu, M., Mannerström, H., Lihavainen, E., Kalaichelvan, S., Healy, S., Yli-Harja, O., Karp, M. & Ribeiro, A. S., 2011, Eight International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2011, June 6-8, Zurich, Switzerland. TICSP series. Koeppl, H., Acimovic, J., Kesseli, J., Mäki-Marttunen, T., Larjo, A. & Yli-Harja, O. (toim.). Zurich: WCSB 2011, s. 227-227 (International Workshop on Computational Systems Biology WCSB; nro 57).

  Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Dynamics of genetic toggle switch at the nucleotide and codon levels

  Julkaisun otsikon käännös: Dynamics of genetic toggle switch at the nucleotide and codon levelsPotapov, I., Lloyd-Price, J., Yli-Harja, O. & Ribeiro, A. S., 2011, julkaisussa: Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics. 84, 3, s. 1-9 9 Sivumäärä, 031903.

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  3 Sitaatiot (Scopus)

• Eighth International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2011, June 6-8, Zurich, Switzerland. TICSP series

  Julkaisun otsikon käännös: Eighth International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2011, June 6-8, Zurich, Switzerland. TICSP seriesKoeppl, H. (Toimittaja), Acimovic, J. (Toimittaja), Kesseli, J. (Toimittaja), Mäki-Marttunen, T. (Toimittaja), Larjo, A. (Toimittaja) & Yli-Harja, O. (Toimittaja), 2011, Zurich: WCSB 2011. (International Workshop on Computational Systems Biology WCSB; Vuosikerta 57)

  Tutkimustuotos: Kokoomateos › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Evolutionary Dynamics of a Population of Cells with a Toxin Suppressor Gene

  Julkaisun otsikon käännös: Evolutionary Dynamics of a Population of Cells with a Toxin Suppressor GeneHäkkinen, A., Biddle, F. G., Smolander, O.-P., Yli-Harja, O. & Ribeiro, A. S., 2011, Transactions on Computational Systems Biology XIII. Lecture Notes in Bioinformatics. Priami, C., Back, R.-J., Petre, I. & de Vink, E. (toim.). Berlin: Springer, s. 1-12 12 Sivumäärä

  Tutkimustuotos: Luku › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Fermentative hydrogen production by Clostridium butyricum and Escherichia coli in pure and cocultures

  Julkaisun otsikon käännös: Fermentative hydrogen production by Clostridium butyricum and Escherichia coli in pure and coculturesSeppälä, J. J., Puhakka, J. A., Yli-Harja, O., Karp, M. T. & Santala, V., 2011, julkaisussa: International Journal of Hydrogen Energy. 36, 17, s. 10701-10708

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  68 Sitaatiot (Scopus)

• Inference of Kinetic Parameters of Delayed Stochastic Models of Gene Expression Using a Markov Chain Approximation

  Julkaisun otsikon käännös: Inference of Kinetic Parameters of Delayed Stochastic Models of Gene Expression Using a Markov Chain ApproximationMannerström, H., Yli-Harja, O. & Ribeiro, A. S., 2011, julkaisussa: Eurasip Journal on Bioinformatics and Systems Biology. 2011, s. 1-5 5 Sivumäärä, 572876.

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  5 Sitaatiot (Scopus)

• Information Diversity in Structure and Dynamics of Simulated Neuronal Networks

  Mäki-Marttunen, T., Acimovic, J., Nykter, M., Kesseli, J., Ruohonen, K., Yli-Harja, O. & Linne, M.-L., 2011, julkaisussa: Frontiers in Computational Neuroscience. 5, 26, s. 1-17 17 Sivumäärä, 26.

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Tiedosto

  • Neuronal Network 100%
  • Information Diversity 100%
  • Dynamics 100%
  • Behavior (Neuroscience) 100%
  • Synapse 100%
  8 Sitaatiot (Scopus)

  15 Lataukset (Pure)

• In Vivo Kinetics of Transcription initiation of the Lar Promoter in Escherichia coli. Evidence for a Sequential Mechanism with Two Rate-Limiting Steps

  Julkaisun otsikon käännös: In Vivo Kinetics of Transcription initiation of the Lar Promoter in Escherichia coli. Evidence for a Sequential Mechanism with Two Rate-Limiting StepsKandhavelu, M., Mannerström, H., Gupta, A., Häkkinen, A., Lloyd-Price, J., Yli-Harja, O. & Ribeiro, A. S., 2011, julkaisussa: BMC Systems Biology. 5, s. 1-9 9 Sivumäärä, 149.

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  31 Sitaatiot (Scopus)

• Natural language and biological information processing

  Niiranen, S., Yli-Hietanen, J. & Yli-Harja, O., 2011, Information Processing and Biological Systems. Vuosikerta 11. s. 219-228 10 Sivumäärä (Intelligent Systems Reference Library; Vuosikerta 11).

  Tutkimustuotos: Luku › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  • Natural Language 100%
  • Language Information Processing 100%
  • Biological Information Processing 100%
  • Information Processing 100%
  • Human Intelligence 100%

• Of the Complexity of Boolean Network State Trajectories

  Mäki-Marttunen, T., Kesseli, J., Kauffman, S., Yli-Harja, O. & Nykter, M., 2011, Eight International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2011, June 6-8, Zurich, Switzerland. TICSP series. Koeppl, H., Acimovic, J., Kesseli, J., Mäki-Marttunen, T., Larjo, A. & Yli-Harja, O. (toim.). Zurich: WCSB 2011, s. 137-140 (International Workshop on Computational Systems Biology WCSB; nro 57).

  Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Tiedosto

  • Boolean Networks 100%
  • Network State 100%
  • State Trajectory 100%
  • Boolean Network 100%
  • Probabilistic Boolean Networks 50%
  45 Lataukset (Pure)

• Stochastic sequence-level model of coupled transcription and translation in prokaryotes

  Julkaisun otsikon käännös: Stochastic sequence-level model of coupled transcription and translation in prokaryotesMäkelä, J., Lloyd-Price, J., Yli-Harja, O. & Ribeiro, A. S., 2011, julkaisussa: BMC Bioinformatics. 12, s. 1-33 33 Sivumäärä, 121.

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  28 Sitaatiot (Scopus)

• Structure-dynamics relationships in biological networks

  Kesseli, J., Hahne, L., Yli-Harja, O., Shmulevich, I. & Nykter, M., 2011, Information Processing and Biological Systems. Niiranen, S. & Ribeiro, A. (toim.). Springer-Verlag, Vuosikerta 11. s. 153-178 26 Sivumäärä (Intelligent Systems Reference Library; Vuosikerta 11).

  Tutkimustuotos: Luku › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  • Structural Properties 100%
  • Structure-dynamics Relations 100%
  • Biological Networks 100%
  • Complex Dynamic Systems 100%
  • Structural Property 100%
• 2010

  An improved clump splitting method for convex objects

  Julkaisun otsikon käännös: An improved clump splitting method for convex objectsFarhan, M., Yli-Harja, O. & Niemistö, A., 2010, Proceedings of the Seventh International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2010, Luxembourg, 16-18 June 2010. Nykter, M., Ruusuvuori, P., Carlberg, C. & Yli-Harja, O. (toim.). s. 35-38

  Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• An integrated study of aberrant gene copy number and gene expression in GIST and LMS

  Yang, D., Ylipää, A., Yang, J., Hunt, K., Pollock, R., Trent, J., Yli-Harja, O., Shmulevich, I., Nykter, M. & Zhang, W., 2010, julkaisussa: Technology in Cancer Research and Treatment. 9, 2, s. 171-178

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  8 Sitaatiot (Scopus)

• Classifier design with pathway based feature selection

  Kivinen, V., Nykter, M., Yli-Harja, O. & Shmulevich, I., 2010, Proceedings of the Seventh International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2010, Luxembourg, June 16-18, 2010. TICSP Series. Nykter, M., Ruusuvuori, P., Carlberg, C. & Yli-Harja, O. (toim.). s. 4 p

  Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Comparison of four publicly available ChIP-seq alignment tools

  Julkaisun otsikon käännös: Comparison of four publicly available ChIP-seq alignment toolsSeppälä, J., Yli-Harja, O. & Autio, R., 2010, Proceedings of the Seventh International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2010, Luxembourg, June 16-18, 2010. TICSP Series. Nykter, M., Ruusuvuori, P., Carlberg, C. & Yli-Harja, O. (toim.). s. 4 p

  Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

• Construction of a computational data analysis pipeline using a workflow system

  Julkaisun otsikon käännös: Construction of a computational data analysis pipeline using a workflow systemAho, K.-L., Kerkelä, E., Yli-Harja, O. & Roos, C., 2010, Proceedings of the Seventh International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2010, Luxembourg, June 16-18, 2010. TICSP Series. Nykter, M., Ruusuvuori, P., Carlberg, C. & Yli-Harja, O. (toim.). s. 4 p

  Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu

  Tiedosto

  • Computational Data Analysis 100%
  • Workflow Systems 100%
  • Data Analysis pipeline 100%
  • Workflow System 100%
  • Integrative Analysis 33%
  62 Lataukset (Pure)

• Differential gene expression in adipose stem cells cultured in allogeneic human serum versus fetal bovine serum

  Lindroos, B., Aho, K.-L., Kuokkanen, H., Räty, S., Huhtala, H., Lemponen, R., Yli-Harja, O., Suuronen, R. & Miettinen, S., 2010, julkaisussa: Tissue Engineering: Part A. 16, 7, s. 2281-2294

  Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
  79 Sitaatiot (Scopus)

• Dynamical effect of transcriptional pause sites

  Julkaisun otsikon käännös: Dynamical effect of transcriptional pause sitesRibeiro, A. S., Häkkinen, A., Healy, S., Rajala, T. & Yli-Harja, O., 2010, Proceedings of the Seventh International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2010, Luxembourg, June 16-18, 2010. TICSP Series. Nykter, M., Ruusuvuori, P., Carlberg, C. & Yli-Harja, O. (toim.). s. 3 p

  Tutkimustuotos: Konferenssiartikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu